ゼルダの伝説 時のオカリナのROMにはVer.1.0、1.1、1.2の3種類が存在します。
カートリッジ裏のシールに印字されている文字で判別可能
- Ver.1.0
- ## （2桁の数字のみ）
- Ver.1.1
- ##A （2桁の数字とアルファベットのA）
- Ver.1.2
- ##B （2桁の数字とアルファベットのB）
このうち最終版であるVer.1.2では炎の神殿の曲が変更されており、具体的には祈りの声のようなコーラス部分が修正されています。時のオカリナGCやゼルダコレクション、バーチャルコンソールでもVer.1.2準拠となっています。
実際のところは定かではありませんが、コーラスとしてイスラム教徒の祈りのようなものが使われており、その内容がイスラム教の聖典コーラン（クルアーン）の一節であると主張する人もいるようです。
参考サイトによるとアザーン（イスラム教での礼拝の呼びかけ）の句の1つであるシャハーダのフレーズが何度か聞き取れると書かれています。
任天堂が明言していないためはっきりとしたことはわかりませんが、差し替えられた理由にこれらの事柄が関係しているのではないかと考えられています。
参考→The Legend of Music #03: The Fire Temple Controversy [Zelda Dungeon]
たしかに怖い感じの雰囲気ですから、多少の苦情があっても不思議ではありませんね。
私自身、時のオカリナは発売日に購入したのでVer.1.0のロムを所持しているのですが、声ありが普通だと思っていたので修正版を聞くと少し物足りなく感じます（笑）
この動画の投稿者コメントによると3DS版はN64後期及びGCの時のオカリナと同じく修正版のようです。